據不完全統計，我國現行食用菌國家食品安全標準1項、國家標準39項、行業(yè)標準110多項，地方標準200多項。涉及基本術(shù)語(yǔ)、菌種、生產(chǎn)規范、產(chǎn)品、生產(chǎn)加工技術(shù)規范、出口產(chǎn)品要求、綠色（無(wú)公害、有機）產(chǎn)品、地理標志產(chǎn)品、檢測技術(shù)方法等方面。與當前已經(jīng)形成一定產(chǎn)量的30多個(gè)食用菌主要品種、工廠(chǎng)化與裝備設施快速進(jìn)步以及流通形態(tài)多樣化相比，現有的標準體系及應用情況已經(jīng)捉襟見(jiàn)肘，現有體系迫切需要抓緊翻新補漏，標準空白的環(huán)節尤其需要立標立桿，以保證產(chǎn)業(yè)發(fā)展實(shí)現“正步走”。
在藥用范圍，《中國藥典》（2015版）記載的有中藥（藥材、成藥）、化藥、生物制品、重組制品、藥用輔料等。我國正式列入藥用的真菌約有50多種，常用的有30多種，被明確納入藥典的食用菌類(lèi)有六種，分別為靈芝、云芝、茯苓、豬苓、雷丸和冬蟲(chóng)夏草，分別有相應的標準。
可用于保健食品“真菌菌種”，在《可用于保健食品的真菌菌種名單》共列入11種：釀酒酵母、 產(chǎn)朊假絲酵母、 乳酸克魯維酵母、卡氏酵母、 蝙蝠蛾擬青霉、蝙蝠蛾被毛孢、靈芝、 紫芝、松杉靈芝、紅曲霉、 紫紅曲霉。
2008年以來(lái)，原衛生部和國家衛生計生委公告批準的新食品原料（新資源食品）名單，涉及食用菌的新食品原料有3種，蛹蟲(chóng)草、廣東蟲(chóng)草子實(shí)體、茶藨子葉狀層菌發(fā)酵菌絲體。
衛計委公告明確不是普通食品的名單：西洋參、魚(yú)肝油、靈芝（赤芝）、紫芝、冬蟲(chóng)夏草、蓮子芯、薰衣草、大豆異黃酮、靈芝孢子粉、鹿角、龜甲 。
在《按照傳統既是食品又是中藥材物質(zhì)目錄》中收入共有86種，其中有茯苓。
與此相對應，我國已報道的食藥用真菌近1000種，共有450余種藥用真菌具有藥效，具有抗癌的達184種。我國約有18萬(wàn)種菌物資源，但僅對約8%的資源有初步認識，對90%以上的資源仍一無(wú)所知。
其實(shí)，食用菌與藥的距離還相當遠?！吨腥A人民共和國藥品管理法》（1984年9月20日第六屆全國人民代表大會(huì )常務(wù)委員會(huì )第七次會(huì )議通過(guò)，之后于 2001年修訂， 2013年和2015年兩次修正）規定：藥品，是指用于預防、治療、診斷人的疾病，有目的地調節人的生理機能并規定有適應癥或者功能主治、用法和用量的物質(zhì)，包括中藥材、中藥飲片、中成藥、化學(xué)原料藥及其制劑、抗生素、生化藥品、放射性藥品、血清、疫苗、血液制品和診斷藥品等。輔料，是指生產(chǎn)藥品和調配處方時(shí)所用的賦形劑和附加劑。藥品生產(chǎn)企業(yè)，是指生產(chǎn)藥品的專(zhuān)營(yíng)企業(yè)或者兼營(yíng)企業(yè)。藥品經(jīng)營(yíng)企業(yè)，是指經(jīng)營(yíng)藥品的專(zhuān)營(yíng)企業(yè)或者兼營(yíng)企業(yè)。
在《歷代本草文獻所載具有保健作用的食物名單》中，食用菌也可偶見(jiàn)：
聰耳（增強或改善聽(tīng)力）類(lèi)食物：蓮子等。
明目（增強或改善視力）類(lèi)食物：山藥等。
生發(fā)（促進(jìn)頭發(fā)生長(cháng)）類(lèi)食物：白芝麻等。
潤發(fā)（使頭發(fā)滋潤、光澤）類(lèi)食物：鮑魚(yú)。
烏須發(fā)（使須發(fā)變黑）類(lèi)食物：黑芝麻、核桃仁、大麥。
長(cháng)胡須（有益于不生胡須的男性）類(lèi)食物：鱉肉。
美容顏（使肌膚紅潤、光澤）類(lèi)食物：枸杞子等。
健齒（使牙齒堅固、潔白）類(lèi)食物：花椒、蒲菜、萵筍。
輕身（消肥胖）類(lèi)食物：菱角等。
肥人（改善瘦人體質(zhì)，強身壯體）類(lèi)食物：小麥等。
增智（益智、健腦等）類(lèi)食物：粳米、蕎麥、核桃、葡萄、菠蘿、荔枝、龍眼、大棗、百合、山藥、茶、黑芝麻、黑木耳、烏賊魚(yú)。
益志（增強志氣）類(lèi)食物：百合、山藥。
安神（使精神安靜、利睡眠等）類(lèi)食物：蓮子等。
增神（增強精神，減少疲倦）類(lèi)食物：茶、蕎麥、核桃。
增力（健力，善走等）類(lèi)食物：蕎麥、大麥、桑葚、榛子。
強筋骨（強健體質(zhì)，包括筋骨、肌肉以及體力）類(lèi)食物：栗子、酸棗、黃鱔、食鹽。
耐饑（使人耐受饑餓，推遲進(jìn)食時(shí)間）類(lèi)食物：蕎麥、松子、菱角、香菇、葡萄。
能食（增強食欲、消化等能力）類(lèi)食物：蔥等。
壯腎陽(yáng)（調整性功能，治療陽(yáng)痿、早泄等）類(lèi)食物：核桃仁等。
種子（增強助孕能力，也稱(chēng)續嗣，包括安胎作用）類(lèi)食物：檸檬等。
在歷代本草文獻所載具有治療作用的食物中，也可見(jiàn)到食用菌：
散風(fēng)寒類(lèi)（用于風(fēng)寒感冒病癥）食物：生姜、蔥、芥菜、芫荽。
散風(fēng)熱類(lèi)（用于風(fēng)熱感冒病癥）食物：茶葉、豆豉、楊桃。
清熱瀉火類(lèi)（用于內火病癥）食物：茭白、蕨菜、苦菜、苦瓜、松花蛋、百合、西瓜。
清熱生津類(lèi)（用于燥熱傷津病癥）食物：甘蔗、番茄、柑、檸檬、蘋(píng)果、甜瓜、甜橙、荸薺。
清熱燥濕類(lèi)（用于濕熱病癥）食物：香椿、蕎麥。
清熱涼血類(lèi)（用于血熱病癥）食物：藕、茄子、黑木耳、蕹菜、向日葵子、食鹽、芹菜、絲瓜。
清熱解毒類(lèi)（用于熱毒病癥）食物：綠豆等。
清熱利咽類(lèi)（用于內熱咽喉腫痛病癥）食物：橄欖等。
清熱解暑類(lèi)（用于暑熱病癥）食物：西瓜等。
清化熱痰類(lèi)（用于熱痰病癥）食物：白蘿卜等。
溫化寒痰類(lèi)（用于寒痰病癥）食物：洋蔥等。
止咳平喘類(lèi)（用于咳嗽喘息病癥）食物：百合等。
健脾和胃類(lèi)（用于脾胃不和病癥）食物：南瓜等。
健脾化濕類(lèi)（用于濕阻脾胃病癥）食物：薏苡仁、蠶豆、香椿、大頭菜。
驅蟲(chóng)類(lèi)（用于蟲(chóng)積病癥）食物：榧子等。
消導類(lèi)（用于食積病癥）食物：蘿卜等。
溫里類(lèi)（用于里寒病癥）食物：辣椒等。
祛風(fēng)濕類(lèi)（用于風(fēng)濕病癥）食物：櫻桃等。
利尿類(lèi)（用于小便不利、水腫病癥）食物：玉米等。
通便類(lèi)（用于便秘病癥）食物：菠菜等。
安神類(lèi)（用于神經(jīng)衰弱、失眠病癥）食物：蓮子、百合、龍眼肉、酸棗仁、小麥、秫米、蘑菇、豬心、石首魚(yú)。
行氣類(lèi)（用于氣滯病癥）食物：香櫞等。
活血類(lèi)（用于血淤病癥）食物：桃仁等。
止血類(lèi)（用于出血病癥）食物：黃花菜、栗子、茄子、黑木耳、刺菜、烏梅、香蕉、萵苣、枇杷、藕節、槐花、豬腸。
收澀類(lèi)（用于滑脫不固病癥）食物：石榴等。
平肝類(lèi)（用于肝陽(yáng)上亢病癥）食物：芹菜、番茄、綠茶。
補氣類(lèi)（用于氣虛病癥）食物：粳米、糯米、小米、黃米、大麥、山藥、莜麥、秈米、馬鈴薯、大棗、胡蘿卜、香菇、豆腐、雞肉、鵝肉、鵪鶉、牛肉、兔肉、狗肉、青魚(yú)、鰱魚(yú)。
補血類(lèi)（用于血虛病癥）食物：桑葚、荔枝、松子、黑木耳、菠菜、胡蘿卜、豬肉、羊肉、牛肝、羊肝、甲魚(yú)、海參、草魚(yú)。
助陽(yáng)類(lèi)（用于陽(yáng)虛病癥）食物：枸杞菜等。
滋陰類(lèi)（用于陰虛病癥）食物：銀耳、黑木耳、大白菜、梨、葡萄、桑葚、牛奶、雞蛋黃、甲魚(yú)、烏賊魚(yú)、豬皮。
